Le Professeur Layton et son jeune apprenti, Luke, reçoivent une lettre de... Luke, 10 ans après ! Qui leur demande de l'aide d'urgence. Le professeur croit d'abord à une blague de Luke, mais une semaine plus tôt, le premier ministre britannique, monsieur Hawk, a disparu dans l'explosion d'une grande horloge. Intrigués, ils se rendent dans l'horlogerie, et grâce à un mécanisme caché, ils réparent l'horloge, ce qui provoque un grand tremblement ! En sortant de l'horlogerie, ils se retrouvent au même endroit, mais 10 ans plus tard...